Trước cuộc cải cách Duy Tân Minh Trị vào năm 1868, có đến 80% dân số Nhật Bản làm nông nghiệp và lúa là nông sản chính. Thời đó tại Nhật các phương pháp thâm canh cần nhiều lao động, mỗi hộ gia đình cũng chỉ có một phần diện tích ruộng hạn chế.
Nông nghiệp Nhật Bản bắt đầu cùng với việc trồng lúa. Và trong số các loại cây nông nghiệp được trồng ở Nhật Bản từ thời xa xưa còn có lúa mì, lúa mạch, kê, đỗ tương, củ cải. Các nông cụ cổ nhất làm bằng gỗ hoặc đá. Khi kỹ thuật từ lục địa giúp sản xuất ra các dụng cụ bằng sắt, nông nghiệp đạt tiến bộ nhanh chóng và những vùng đất đai bị bỏ hoang suốt thời gian dài được tận dụng để canh tác.
Từ cuối thời Heian (794-1185), những gia đình có thế lực nổi lên ở các tỉnh và trở nên giàu có nhờ sản xuất nông nghiệp. Khi kiểm soát được chính quyền trong thời Kamakura (1185-1333), họ tỏ ra quan tâm đến nông nghiệp nhiều hơn so với giới cai trị trước đó và khuyến khích nhiều cải tiến.
Với sự xuất hiện của nhiều thành phố và thị trấn trong thời Edo (1603-1868), tỉ lệ dân số không làm nghề nông tăng lên và các nông dân bị đòi hỏi phải sản xuất ngày càng nhiều hơn.
Tuy nhiên, hơn một nửa số gạo sản xuất ra bị thu dưới hình thức thuế đất đai và nông dân thường xuyên không còn đủ để đáp ứng nhu cầu của bản thân. Họ phải trồng thêm lúa mạch, lúa mì hoặc kê. Sản lượng nông nghiệp tăng lên nhờ những nỗ lực trong 3 lĩnh vực: khai hoang, phân bón và lai giống cây trồng.
Đến nay, người ta sẽ thấy 1 nền nông nghiệp Nhật Bản hiện đại, tự động, đem lại hiệu quả cao gấp hàng chục lần các phương pháp làm nông nghiệp truyền thống.
Tuy nhiên, do điều kiện tự nhiên của đất đai ở Nhật hoàn toàn khác so với ở phương Tây, chỉ áp dụng cách trồng cấy với kỹ thuật của nước ngoài thì không hiệu quả. Do vậy người ta thay đổi trọng tâm, trở lại coi gạo là sản phẩm chính và phát triển những phương pháp thâm canh.
Nhà nước lập các trung tâm thử nghiệm để tiến hành lai ghép những loại cây nông nghiệp quan trọng.
Việc phân phối lại đất đai một cách mạnh mẽ đã gần như chấm dứt tình trạng thuê đất vào năm 1949 và kết quả là khoảng 90% đất canh tác do chính người sở hữu tự trồng cấy.
Tình trạng thiếu lương thực sau chiến tranh, giá cả cao, sự tồn tại của một chợ đen buôn bán gạo và lạm phát trong xã hội khi đó chính là những yếu tố tạo thuận lợi cho các nông dân Nhật Bản. Nói chung họ trả nợ cho diện tích ruộng đất mới của mình khá dễ dàng và bắt đầu đầu tư vốn để hợp lý hóa nông nghiệp.
Chính phủ giúp đỡ nhà nông bằng cách lập các chương trình hỗ trợ giá, nhất là đối với gạo. Chính phủ cũng dành sự ủng hộ mạnh mẽ cho các trường kỹ thuật nông nghiệp, các trung tâm thử nghiệm và các chương trình mở rộng.
Các hợp tác xã nông nghiệp đẩy mạnh những hoạt động tích cực kể trên của chính phủ bằng cách cho vay với lãi xuất thấp và tiến hành tiếp thị theo nhóm ở cấp độ làng xã.
Kết quả cuối cùng là hình thành một lực lượng nông dân tương đối dư giả, có học thức, được ưu đãi và có vốn cần thiết để mua giống mới cũng như phân bón để tăng sản lượng, đồng thời mua máy móc để giảm bớt nhu cầu về lao động.
Bên cạnh đó, rất nhiều người chỉ làm nghề này theo thời vụ và hơn một nửa lực lượng lao động là phụ nữ. Xu hướng đi xuống này kéo dài cho tới tận nay. Nếu năm 1960, 26,8% lực lượng lao động là nông dân thì đến năm 1995 chỉ còn 5,1%. Năm 1965, thu nhập từ nông nghiệp của mỗi hộ gia đình nông dân còn chiếm 48% tổng thu nhập, nhưng đến năm 1996 chỉ còn là 21,1%.
Theo thống kê của Bộ nông-lâm-ngư nghiệp, tổng thu nhập bình quân mỗi năm của một hộ gia đình nông dân Nhật Bản trong năm 1996 là 6.647.400 yen, tính theo tỉ giá khi đó là vào khoảng 64.000 đôla.
Hiện tại việc canh tác hầu như được làm bằng máy. Các phương pháp canh tác truyền thống nhanh chóng nhường chỗ cho các máy cày, máy ủi và nhiều loại máy móc khác. Nhờ tất cả những yếu tố đó, tổng sản lượng gạo của Nhật Bản tăng từ 9,5 triệu tấn trong năm 1950 lên 13 triệu tấn vào năm 1975.
Song mức tiêu thụ gạo tính theo đầu người đã giảm đi và chính phủ đang lo ngại với nhiều vấn đề như sản xuất quá nhiều và tồn kho quá lớn. Các nông dân được khuyến khích, có khi được trợ cấp, để chuyển từ trồng gạo sang các loại khác.
Chính sách điều chỉnh sản xuất của chính phủ đã khiến bị thiếu gạo vào năm 1993 vì sản lượng gạo quá thấp. Những thay đổi về thói quen ăn uống của người Nhật cũng làm tăng mức sản xuất thịt, các sản phẩm sữa và rau quả.
Đã mắt với chuỗi hình ảnh về nền nông nghiệp Nhật Bản hiện đại hôm nay:
Nông nghiệp nhà kính an toàn, sạch sẽ, cho năng suất lao động và chất lượng sản phẩm cực cao.
Nông nghiệp trồng trọt tập trung, áp dụng kĩ thuật trồng mới giúp tăng hiệu quả, chất lượng sản phẩm nông nghiệp.
Những sản phẩm từ nông nghiệp cũng đem lại hiệu quả kinh tế lớn.
Công đoạn thu hoạch cũng vận dụng khoa học tiên tiến để giảm sức lao động.
Nông nghiệp chăn nuôi bò sữa nhờ sự giúp đỡ của khoa học công nghệ mà giống như một ngành công nghiệp.
Ngành nông nghiệp chăn nuôi gà cũng trở thành ngành công nghiệp chăn nuôi trong tương lai.